La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, camisetas de futbol 2023 acabando la liga en 11.ª posición. La temporada siguiente, el Athletic eliminó al Dinamo Tbilisi en la ronda previa de la Liga de Campeones, sin embargo no logró superar la fase de grupos, acabando en cuarta posición por detrás de Juventus, Galatasaray y Rosenborg. En la temporada 2014-15, en Segunda División B, se alcanzaron los 16.326 socios.