Por tanto también disputaron el mismo año la Supercopa de Alemania, que ganarían al vigente campeón de la Bundesliga el VfL Wolfsburgo en el Volkswagen-Arena con tantos de Mertesacker y Clemens Fritz. La recuperación y consolidación definitiva llegó en 2004, cuando ganaron la Bundesliga y la DFB-Pokal consiguiendo un doblete histórico. A principios del 2013, el 7 de enero estuvo en la Tuttur Cup en el cual constaba de un cuadrangular, en el que Werder Bremen derrotó a Trabzonspor con un 2-0 con goles de Aaron Hunt y Nils Petersen, camiseta italia mundial 2022 y así avanzó a la final la cual ganó contra el VfL Wolfsburgo con un marcador de 2-1 con goles de Marko Arnautovic y Felix Kroos.