Sin embargo y a pesar de lo holgado del resultado final, los azulgrana no mostraron su mejor cara y volvieron a ofrecer una versión apagada del equipo que deslumbró durante la primera vuelta. Después de los dos últimos años, para la nueva campaña de 1996/97 el Athletic quiere dar un cambio radical a la marcha del equipo y para ello se hace con los servicios del entrenador Luis Fernández. En el resto de partidos de estos doce últimos años, periodo en el que el conjunto coruñés jugó dos temporadas en Segunda División, el Deportivo logró puntuar en Bilbao. Fue una apuesta arriesgada, ya que era un entrenador sin experiencia que llegaba a la 1.ª División sin haber si quiera pasado por Segunda División. Con la selección española, superó al mítico Zamora, al haber sido alineado en 49 ocasiones. Pero el acto principal fue el partido entre el Athletic y la selección de Brasil.

Fue en la Europa League en la que el Athletic escribió una de las páginas doradas de su historia, consiguiendo acceder a las eliminatorias como primero de grupo sin perder ningún partido. Comenzó a perder posiciones en la tabla y a alejarse de puestos europeos (aunque la plaza estaba garantizada por ser finalista de Copa del Rey, ya que el F. C. Barcelona jugaría la Champions League). Tras la negativa de Jupp Heynckes, el Athletic puso la primera plantilla en manos de Ernesto Valverde, camisetas futbol 2022 hasta entonces entrenador del conjunto filial. De hecho, la persistencia es la marca de fábrica de Ernesto Valverde. Como sustituto de Ernesto Valverde llegó al banquillo José Luis Mendilibar, procedente del Sociedad Deportiva Eibar. Otros jugadores destacados: Patxi Salinas, Txetxu Gallego, José María Noriega, equipacion athletic bilbao Julio Salinas y Endika Guarrotxena. Otros jugadores destacados: Iñaki Lafuente, Mari Lacruz, Aitor Karanka, Javi González, Tiko, Julen Guerrero y Fernando Llorente.

La temporada 1991/1992 fue muy deficiente, ni Iñaki Sáez ni su improvisado sustituto Aranguren lograron reconducir al equipo por el buen camino, el cual acabó la liga en un 14º puesto. Ganar la Liga tanto tiempo después hizo que el júbilo se desatara. A veces, me quedaba asombrado de las decisiones que tomaba durante el transcurso de un encuentro y yo me decía: “Joder, lo que ha hecho este tío ninguno lo habíamos pensado”. Durante el partido el Athletic dominó. Durante los días previos al partido Vizcaya entera se tiñó de rojiblanco, hasta se podían observar banderas del Athletic colgadas en ventanas y balcones. Creo que esta ley se les ha ido de las manos», dice Nerea, empleada del restaurante Alberdi. El número de internacionales del Athletic con España comanda las estadísticas por esta razón, aunque en los últimos años su aportación a La Roja ha descendido igual que ha bajado su número de aficionados por toda España.

Su primera decisión importante fue contratar a Jupp Heynckes como entrenador del Athletic para los dos años siguientes. La primera decisión del nuevo presidente es cesar a Jupp Heynckes y poner a cargo del banquillo a Javier Irureta. Ese mismo verano de 1994 se celebran elecciones en el Athletic y finalmente José María Arrate sale elegido presidente. El ganador de las elecciones fue Fernando Lamikiz, antiguo miembro de la junta directiva del expresidente José María Arrate. Unos días antes de disputarse esta última jornada, falleció de un cáncer el presidente del Athletic Javier Uria. En el verano de 2003 Ignacio Ugartetxe sustituyó al fallecido Javier Uria como presidente del club. Javier Uria fue el elegido como nuevo presidente del club. La banda mítica del heavy vuelve a Bilbao. En sus más de cien ediciones, pocos equipos han sabido guardar y transmitir la importancia de este campeonato como el Athletic de Bilbao.

Sin embargo la UEFA le invitó a jugar la Intertoto por haber sido el mejor de los equipos no clasificados inscritos a dicha competición. En Liga, el Athletic quedó 3.º después de haber estado luchando por el título hasta el final. La temporada 1988/1989 fue una temporada bastante irregular en la liga, en lo que respecta a la UEFA, el Athletic pasó por ella sin pena ni gloria cayendo eliminado ante la Juventus en los dieciseisavos de final. Al finalizar el encuentro, varios barcelonistas, con Maradona a la cabeza, agredieron de forma brutal y bochornosa a varios jugadores del Athletic, que sufrieron heridas de importancia. Con esto, la plantilla quedó seriamente tocada, ya que se perdió a dos de los jugadores más determinantes de las últimas temporadas. En las principales arterias de la ciudad ondean banderas rojiblancas en la puerta de tascas y cafeterías. La hora de la quedada es las 13.30 horas. El escenario, después de las idas y venidas de siempre, será el Camp Nou; eso sí, el feudo azulgrana estará dividido en parte iguales entre los aficionados catalanes y los vascos.