El Athletic ingresó este martes en la sede de la Liga los 32 millones de la cláusula del central, un movimiento agresivo forzado por la política de la Real Sociedad de no negociar traspasos con sus vecinos bilbaínos. Josu Urrutia realizaría entonces uno de los fichajes más sonados en los últimos años del Athletic al abonar la cláusula del defensa de la Real Sociedad Iñigo Martínez, que ascendía a 32 millones de euros. De aquellos partidos salió en 1898 la idea de fundar una sociedad futbolística, a la que llamaron Athletic Club. Así, el Athletic se clasificó por tercer año consecutivo para la Copa de España. Tras el cambio de presidente también hubo cambio de entrenador, así, Joaquín Caparrós fue sustituido por el argentino Marcelo Bielsa. Si no es así, hablaremos, además de un problema deportivo con un futbolista, de un problema político. A diferencia de otras temporadas, el conjunto bilbaíno fue protagonista en el mercado invernal, ya que el Manchester City de Pep Guardiola abonó la cláusula de rescisión de contrato de Aymeric Laporte de 65 millones de euros. Contaría con la baja de dos de sus puntales en temporadas anteriores: Asier del Horno, traspasado al Chelsea F. C., y Santi Ezquerro, que finalizaría contrato y firmaría con el F. C. Barcelona.

Las condiciones del contrato de Raúl García son satisfactorios para el interesado, que a partir de ahora, a las órdenes de Valverde, pasará a tener un rol muy diferente al que le tenía reservado Simeone. Para la temporada 2003-04, Jupp Heynckes abandonaba el banquillo para ser sustituido por Ernesto Valverde, un entrenador de la casa que acababa de subir del filial. Macua fichó varios jugadores como el portero Gorka Iraizoz, el defensa Aitor Ocio o el centrocampista David López (entre otros) y contrató al entrenador Joaquín Caparrós. Para esa final, Bielsa alineó al equipo de gala; Iraizoz, Iraola, Javi Martínez, Amorebieta, Aurtenetxe, Iturraspe, Herrera, De Marcos, Susaeta, Llorente y Muniain. Jugador más joven en debutar (competición nacional/internacional): Iker Muniain (debutó el 30 de julio de 2009, a los 16 años, 7 meses y 11 días, contra el Young Boys). El conjunto rojiblanco debutaría a las órdenes del técnico argentino frente al Leganés en San Mamés con un ajustado 2-1 conseguido por Iker Muniain en el descuento.

Hizo un gran papel a pesar de lo devaluada que estaba la competición, que había perdido prestigio frente a la Liga y la Copa. A pesar del cambio de entrenador, el equipo se hundió más y se pasó la temporada luchando por la salvación, la cual logró concluyendo la liga en 12.ª posición. Tres días antes, el equipo rojiblanco había eliminado al Real Madrid en las semifinales del torneo. Días después San Mamés comenzó a ser derribado tras 100 años de actividad y 1741 partidos oficiales disputados. El primero, que jugó ocho años en San Mamés, es de nacionalidad venezolana y ha llegado a defender los colores de la ‘vinotinto’. La siguiente temporada 2008-09 supuso la confirmación de que el equipo se estaba recuperando positivamente, dejando atrás los fantasmas del descenso. En cuanto el equipo comenzó a asimilar el nuevo estilo de juego, los resultados mejoraron notablemente. Durante los primeros meses, el equipo no terminaba de adaptarse al nuevo estilo y los resultados en liga no eran positivos, aunque en la Liga Europa se habían solventado con éxito los primeros compromisos. No obstante, fue cesado a mitad de temporada, ya que el equipo se encontraba en puestos de descenso y no daba señales de mejoría.

Un mes y medio después de haberse iniciado la temporada, el Athletic estaba colista y la afición de San Mamés abucheaba a Lamikiz al grito de «¡Fuera!, ¡fuera!» y «¡Lamikiz vete ya!». Según los rumores del entorno rojiblanco, se hablaba de problemas en el vestuario; de hecho, a partir de esa temporada, la estrella del equipo, Julen Guerrero, se vio relegado al banquillo para sorpresa de muchos. Al comienzo de la temporada 2001-02, el Athletic estrenaba nuevo presidente; Javier Uría, y nuevo entrenador; Jupp Heynckes, que realizaba su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco. Le sustituyó Javier Clemente, quien se sentaba por tercera vez en el banquillo rojiblanco. El conjunto de Zamora se proclamó, por segunda vez consecutiva, Campeón de Liga. Manuel Rodríguez Arzuaga, mecenas del club que lo sacó por primera vez de Madrid para jugar un partido en Alicante. En la Liga 2014-15 se realizó una primera vuelta muy pobre, logrando solo 19 puntos. Mientras tanto, en Liga llegó a alcanzar la cuarta plaza en la jornada 24 (33 puntos). Sin embargo, en la recta final el equipo dio un bajón muy importante que le hizo perder la 6º plaza y caer en picado hasta la 8º, donde finalmente concluyeron la liga.