En el verano de 2003 Ignacio Ugartetxe sustituyó al fallecido Javier Uria como presidente del club. También incorporó a jugadores como Javi González, Mari Lacruz, Mikel Lasa y Txomin Nagore. Kendall logra rejuvenecer el equipo con jugadores provenientes de la cantera como, Patxi Ferreira, Andrinua, Alkorta, Garitano o Urrutia. También debutó por primera vez en la Superliga femenina el primer equipo femenino del Athletic (Athletic Club EFT), reconvertido del antiguo Leioa EFT, micamiseta.fútbol club fue comprado por el Athletic para pasar a ser su equipo femenino. En la temporada 1985/86 Javier Clemente deja el banquillo del Athletic (jornada 21) para ser ocupado de nuevo por Iñaki Sáez. Su sustituto, Iñaki Sáez. En el verano de 1977, Javier Clemente entró en el cuerpo técnico del club. En el verano de 2001 se realizaron nuevas elecciones a la presidencia del Athletic, José María Arrate decidió no volver a presentarse como candidato después de ocho años de mandato. Se celebró un partido de homenaje en su honor, que enfrentó a la selección de Inglaterra contra el propio Athletic, siendo la primera vez que la selección inglesa se enfrentaba a un club convencional en vez de a una selección.

Tras la negativa de Jupp Heynckes, el Athletic puso la primera plantilla en manos de Ernesto Valverde, hasta entonces entrenador del conjunto filial. En aquella temporada se estrenó el nuevo sistema de la Copa UEFA, camisetas futbol baratas que por primera vez incluía una liguilla. El equipo comenzaba la nueva temporada con ilusión, especialmente por el hecho de jugar la Copa UEFA. Estos jugadores sumado a otros que ya estaban como Josu Urrutia, Aitor Larrazabal, Bittor Alkiza, Rafael Alkorta, José Ángel Ziganda o el propio Julen Guerrero, hicieron posible el regreso a la Liga Europa de la UEFA. En la temporada 1998/99 el Athletic participó por 4.ª vez en la Copa de Europa, rebautizada como Liga de Campeones. A pesar de que dependía de sí mismo, el equipo bilbaíno cayó frente a los merengues y perdió el puesto de la Copa de la UEFA, que finalmente se adjudicó el F. C. Barcelona. En liga tampoco marcharon del todo bien las cosas, a pesar de haber estado luchando por la Liga Europa de la UEFA hasta el último momento.

El Athletic había ofrecido la renovación a Jupp Heynckes a pesar de que este ya había dejado claro a mitad de temporada que no seguiría en el club rojiblanco. Para dicha temporada, incorporan a Iribar como entrenador, camisetas de futbol replicas pero su paso por el banquillo rojiblanco no termina de ser el esperado. Fue el final de un sueño en el que los leones aspiraban a ser de oro y se quedaron de plata. Los leones se impusieron en Génova por 1-2 y en San Mamés remataron la eliminatoria con un 2-0 que les daba el pase a la siguiente eliminatoria. El Barça de Menotti, Maradona y Schuster fue incapaz de batir a Zubizarreta, y la impotencia ante los leones fue provocando actos antideportivos por parte de algunos jugadores azulgranas. Para esta final, disputada en el Estadio Santiago Bernabéu, Clemente alineó a: Zubizarreta, Goikoetxea, De Andrés, De la Fuente, Urkiaga, Liceranzu, Dani, Patxi Salinas, Endika, Urtubi y Argote. Zubizarreta, Goikoetxea, De Andrés, De la Fuente, Urkiaga, Liceranzu, Dani, Sola, Noriega, Urtubi y Argote fueron los protagonistas que hicieron posible tal hito.

Otros jugadores destacados: Patxi Salinas, Txetxu Gallego, José María Noriega, Julio Salinas y Endika Guarrotxena. Otros lo verán en las calles, en San Mamés, en los bares, en donde haya una pantalla. Por las mañanas voy a comprar el pan y los periódicos. Mientras en la Copa del Rey el Athletic marchaba bastante bien y se clasificó para las semifinales. Los bilbaínos intentaron salvar la temporada ganando la final de la Copa frente al Betis. La temporada 1980/81 comienza muy mal. El Athletic ha hecho oficial este viernes cómo serán las primeras equipaciones de sus jugadores y jugadoras la próxima temporada. Con la vuelta de la competición europea en el mes de febrero la ilusión volvía a las gradas de San Mamés. Así, en la ciudad portuaria de Southampton, donde debía coger el barco de vuelta a Bilbao, compró 50 trajes del equipo local, que vestía rayas rojas y blancas, calzones blancos y medias negras. Desde Las Arenas a Bilbao, una inmensa marea rojiblanca agasajó a los campeones.